Фамилия Шабынин образована от прозвища Шабыня. Скорее всего, в его основе лежит шорский глагол «шабын», который в переводе на русский язык означает «биться, махаться». Исходя из этого, можно предположить, что Шабыней в народе прозвали задиристого, вспыльчивого человека, частого участника драк. Согласно другой версии, прозвище Шабыня происходит от казахского слова «шабын», которое имеет значение «выкос». В таком случае основатель рода Шабыниных мог быть косарем. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шабыня, со временем получил фамилию Шабынин.