Фамилия Шагабеев образована от мусульманского имени Шагабей, которое представляет собой диалектный вариант имени Шагабай. Предположительно это имя восходит к двум тюркским основам: «шага» или «чага», что значит «ребёнок», и «бай» - «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Изначально слово «бай» употреблялось как военный термин, но с течением времени оно стало активно использоваться в качестве именно основы при образовании составных тюркских имен.