Фамилия Шаганенко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, которая особенно характерна для Украины. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын», то есть Шаганенко — это буквально «сын Шагана» или «потомок Шагана». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шаган.

Корень «шаг» в славянских языках прозрачен: это «шаг», «походка». Прозвище Шаган могли дать человеку с особой походкой — например, тому, кто ходил широко, размеренно или, наоборот, семеня. В южнорусских и украинских говорах слово «шаган» иногда фиксировали как «шаг» или «поступь», а также как название меры длины (шаг). Однако есть и другая, менее очевидная версия: фамилия может восходить к тюркскому корню «шаган» (сокол, ястреб) или к имени Шаган, бытовавшему среди тюркоязычных народов. Это объяснимо многовековым соседством славян и тюрок в степной зоне, где подобные имена и прозвища легко заимствовались. В таком случае Шаганенко — это «потомок сокола», то есть прозвище, данное за зоркость, быстроту или хищный нрав.

В дореволюционных метриках и ревизских сказках фамилия Шаганенко встречается почти исключительно в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях — на землях, где суффикс -енко был господствующим. В списках казацких полков XVII–XVIII веков попадаются носители фамилии Шаган, а Шаганенко — это уже их потомки, оформившие фамилию по той же модели, что и большинство крестьян и мещан Левобережной Украины. Сословно фамилия неэлитарная: её носили в основном казаки и крестьяне, реже — духовенство.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в форме притяжательного прилагательного, фамилия Шаганенко сохранила живой патронимический смысл. Если бы не реформа паспортизации, вашего предка, скорее всего, называли бы по отчеству «Шаганенко» — то есть «сын Шагана», и это звучало бы естественно в разговорной речи. Сегодня фамилия остаётся редкой, но встречается не только в Украине, но и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Написание с двумя «н» (Шаганненко) — почти всегда ошибка переписчика или опечатка; исторически верна форма с одним «н».