Фамилия Шаганян — яркий пример армянской модели образования фамилий, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант «-ян» (в старой орфографии «-янц») — самый распространённый патронимический суффикс в армянском языке, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». В русской традиции такие фамилии склоняются как прилагательные: Шаганяна, Шаганяну, хотя в самой Армении их часто оставляют неизменяемыми. По сути, Шаганян — это «из рода Шагана».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Шаган. В армянском языке «шаган» (շաղան) имеет прямое значение «мокрый, влажный» или «туманный, росистый». Однако вряд ли предок получил фамилию просто за то, что был влажным. Скорее всего, это прозвище по характеру или внешности: «Шаган» могли дать медлительному, задумчивому человеку — тому, кто «как в тумане». Вторая версия — уменьшительная форма от имени Шаген (армянское имя, восходящее к древнеперсидскому «шах» — царь). В таком случае Шаганян — потомок Шагена, где имя сократилось до ласкательного варианта.

Географически фамилия Шаганян распространена в основном в Армении, особенно в областях Ширак и Лори, а также среди армянской диаспоры в России, Грузии и США. Встречаются варианты написания: Шаганянц (более старая форма с сохранением «ц» на конце) и реже Шаганян. В русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать как Шаганьян, с мягким знаком, но это орфографическая адаптация, а не отдельный тип.

Интересно, что в армянском языке есть слово «шаган» как название растения (вид полыни или донника). Теоретически фамилия могла возникнуть у того, кто жил в местности, обильной этой травой, или торговал ею. Но версия с личным именем или прозвищем выглядит убедительнее: подавляющее большинство фамилий на «-ян» образовано от имён, а не от названий растений. Социальный статус первых носителей определить сложно — армянские фамилии этого типа несли все сословия, от крестьян до духовенства, без специальных суффиксов-маркеров, как в русских фамилиях на «-ский».