Фамилия Шахэмиров — редкий случай, когда основа читается почти прозрачно, но окончательный смысл ускользает. На слух она кажется восточной, и это верное направление. Строение фамилии типично для русской модели на -ов: к основе Шахэмир прибавили патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». Фактически, Шахэмиров — это «сын Шахэмира». Вопрос упирается в то, что такое или кто такой Шахэмир.

Скорее всего, перед нами сложное имя или прозвище, состоящее из двух частей. Первая часть — «шах» (персидское «царь», «властитель»). Вторая часть — «эмир» (арабское «повелитель», «князь»). Получается «шах эмиров» — титул, который мог означать «царь среди эмиров» или «главный эмир». Такое составное прозвище вряд ли дали простолюдину. Скорее, его мог получить человек, имевший отношение к знати, либо служивший при дворе, либо просто получивший его как почётное прозвище за властный нрав или высокое положение. В тюрко-персидской среде сложные имена с компонентами «шах» и «эмир» встречаются, хотя сочетание «Шахэмир» именно как личное имя фиксируется редко.

Есть и другая, более прозаичная версия. Фамилия могла возникнуть из искажённого при переписи арабского имени Шамир или Шахмир. В таком случае суффикс -ов просто русифицировал исходное имя. Однако написание через «э» (Шахэмир) наводит на мысль, что носители фамилии или её первые фиксаторы осознанно разделяли два корня, а не писали слитное имя.

География фамилии Шахэмиров неширокая. В основном она встречается на Северном Кавказе, особенно в Дагестане, и в среде горских евреев (татов). Для горских евреев характерны фамилии на -ов с персидскими и арабскими корнями, и Шахэмиров вписывается в этот ряд. В Дагестане же фамилия могла закрепиться у лезгин или других народов, испытавших сильное персидское влияние. В любом случае, это фамилия, указывающая на восточные корни и, вероятно, на не самый низкий социальный слой предков — либо на княжеское прозвище, либо на имя с претензией на власть.