Фамилия Шахомиров — редкий пример, где в основе лежит не имя и не ремесло, а географическое прозвище, и при этом с нетипичным для русских фамилий суффиксом. Если сразу смотреть на структуру, то бросается в глаза окончание -ов, которое указывает на принадлежность: «чей?» — Шахомиров. Но корень «Шахомир» почти наверняка происходит от названия населённого пункта. В Азербайджане, в Габалинском районе, есть село Шахмир (вариант — Шахомяр), а в Дагестане — село Шахмирза. Предок носителя фамилии мог быть выходцем из такого места, и его прозвали по месту жительства: «Шахомир» — тот, кто из Шахмира. Приставка -ов здесь работает стандартно — как «сын Шахомира».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: основа «Шах» (персидское «шах» — царь, правитель) и «мир» (от арабского «амир» — повелитель, или от «мир» в значении «община»). В таком случае Шахомир могло быть составным именем или прозвищем со значением «царь мира» или «правитель общины». Однако для русских фамилий такие двусоставные имена из восточных языков — редкость, обычно они упрощались до односложных основ. Географическая версия выглядит правдоподобнее ещё и потому, что фамилия Шахомиров почти не встречается за пределами регионов с тюркским и кавказским влиянием — её носители сосредоточены в Дагестане, Чечне и Азербайджане, что подтверждает связь с местным топонимом.

Суффикс -ов в этой фамилии типичен для русской модели, но сама основа «не-русская», что говорит о смешанном этническом происхождении. В XVIII–XIX веках, когда шла активная русификация окраин, местные жители нередко получали фамилии по названию своего аула или села с добавлением русского патронимического суффикса. Шахомировы, скорее всего, изначально были не дворянами, а крестьянами или горцами, чья фамилия закрепилась при переписях или при переходе на русские документы. Сословной элиты с этой фамилией в исторических источниках не прослеживается — это типичная «топонимическая» фамилия, указывающая на малую родину предка.