Фамилия Шахмагонов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не прозвище, а сложное составное слово, уходящее корнями в тюркские языки. Если разобрать её по частям, первая половина «шах» восходит к персидскому šāh — «царь, владыка, правитель», слово, широко распространившееся по всему Востоку и вошедшее в русский язык через татарское и кавказское посредничество. Вторая часть «магон» — искажённое тюркское «магун» или «магон», означающее «могила, гробница, курган». В целом «шахмагон» можно перевести как «царская гробница» или «могила правителя». Такое прозвище вряд ли давали случайно: скорее всего, его получил человек, живший неподалёку от древнего кургана, который в народе называли «шахмагон», или тот, кто нёс службу при захоронении знатного лица.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Шахмагонов — буквально «сын Шахмагона». Фамилия образована на русской почве, но основа осталась иноязычной, что говорит о смешанных этнических корнях предков. В русском быту фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в южнорусских и поволжских губерниях, где было сильное татарское и ногайское влияние. Встречается она и у донских казаков — там могли записать по прозвищу, полученному от местного географического объекта.

В ономастике нет единого мнения о точном происхождении этой фамилии. Альтернативная версия связывает «магон» с арабским «магъон» — «место поклонения», но тюркское «могила» выглядит убедительнее из-за устойчивого сочетания с «шахом» в погребальном контексте. В любом случае, Шахмагоновы — носители редкой фамилии, которая прямо указывает на связь предков с восточной культурой и, возможно, с охраной или обслуживанием древних захоронений знатных людей. Других версий, например, от имени Шахмагомет (сокращение от Шахмагомед), лингвисты не поддерживают: слишком велика разница в звучании и значении.