Фамилия Шаков образована от прозвища Шак, которое, вероятно, восходит к глаголу «шакать» («хрипло кричать», «шипеть селезнем») или «шактать» («шептать»). Очевидно, основатель рода Шаковых обладал хриплым голосом или имел обыкновение тихо говорить, за что и получил прозвище Шак. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шак, со временем получил фамилию Шаков.