Фамилия Шакуков — одна из тех, где за привычным русским окончанием -ов скрывается нерусская, скорее всего, тюркская основа. Её ядро — личное имя или прозвище Шакук. В тюркских языках, в частности в башкирском и татарском, слово «шакук» (или близкое по звучанию «шаккык») могло означать «кремень» или «кремнёвое ружьё», то есть предмет, дающий искру. Прозвище могли дать мастеру по изготовлению кремней, охотнику или человеку с острым, «искристым» характером.

Вторая, менее распространённая версия, ведёт к арабскому имени Шакук (от «шакк» — «рассекающий», «раскалывающий»). В мусульманской традиции такие имена встречаются, но чаще в форме Шакир или Шакур. Для фамилии Шакуков более вероятна именно тюркская бытовая основа: прозвище, закрепившееся за родом, а не прямое заимствование из Корана.

Модель образования типична для русской фамилии, возникшей в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шакуков, то есть сын или потомок человека по имени Шакук. Встречаются однокоренные фамилии Шакулов, Шакуров, Шакунов — они различаются суффиксами, но восходят к тому же корню. Шакуков — самая «русифицированная» форма, где тюркская основа полностью подчинилась славянской грамматике.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану, Оренбургской и Челябинской областям. В дореволюционных метрических книгах Шакуковы чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри — сословие, сочетавшее земледелие с несением повинностей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.