Фамилия Шалахина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность к роду. Полная мужская форма — Шалахин. В основе лежит прозвище Шалах, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «шалах» или «шалаха». В южнорусских и украинских говорах так называли неопрятного, неряшливого человека или, напротив, того, кто ходит вразвалку, не спеша. Вторая версия отсылает к слову «шалаш»: Шалахом могли прозвать строителя шалашей или человека, жившего во временном укрытии. Третий, менее очевидный вариант — связь с тюркским корнем «шала» (левша, кривой), но для фамилии, бытующей преимущественно в русскоязычной среде, эта версия уступает славянским.

Суффикс -ин (а не -ов) указывает, что прозвище предка оканчивалось на -а или -я: Шалаха → сын Шалахи → Шалахин. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская: в дореволюционных списках Шалахины встречаются в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях. Встречается и вариант Шалахин с ударением на второй слог, но чаще ударение падает на последний — Шалахина́, что свойственно южнорусскому акающему произношению.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Шалах не вошло в церковный именослов и осталось на уровне бытового, местного. Сегодня Шалахины живут в основном в Центральной России и Поволжье, а также в среде казачества — в донских станицах. По данным переписей XX века, фамилия не была массовой, но и не исчезла: её носили крестьяне, рабочие, сельские учителя. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, непритязательное происхождение.