Фамилия Шалакина — женская форма фамилии Шалакин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шалака, и здесь открывается простор для двух основных версий, причём одна из них значительно правдоподобнее другой.

Первая, самая вероятная версия, связывает корень «шалак» с диалектным словом «шалак» или «шалака». В северных и сибирских говорах так называли мелкую рыбу, чаще всего — молодь, малька. В таком случае Шалакой могли прозвать невысокого, щуплого человека или, с иронией, наоборот — крупного и неуклюжего, по принципу контраста. Прозвища по сходству с рыбой — не редкость в русской ономастике (сравните фамилии Ершов, Карасёв, Окунев), и «шалака» вписывается в этот ряд. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шалакин, то есть сын Шалаки.

Вторая версия, менее убедительная, отсылает к тюркским языкам. В некоторых из них «шалак» означает «болтун», «пустомеля» или, реже, «сорока» (птица, ассоциирующаяся с болтливостью). Однако массового проникновения этого слова в русскую бытовую лексику не зафиксировано, и для фамилии, бытующей преимущественно в русских регионах, такая этимология выглядит натянутой. Скорее всего, это случайное звуковое совпадение.

Географически фамилия Шалакина встречается не повсеместно, а тяготеет к северным областям России — Архангельской, Вологодской, а также к Уралу и Сибири. Это косвенно подтверждает «рыбную» версию: именно в этих краях слово «шалака» было в ходу, а реки и озёра кормили местных жителей, давая повод для метких прозвищ. Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской — в дворянских родословных книгах она не значится.

Таким образом, предок современных Шалакиных, по всей вероятности, получил прозвище от названия мелкой рыбки, что отражало либо его внешность, либо род занятий (рыбак, торговец рыбой). Фамилия эта — живой след народной наблюдательности, где точное слово закрепилось за человеком и перешло в наследство.