Фамилия Шалашин образована от прозвища или мирского имени Шалаш. В основе лежит нарицательное «шалаш» — временное укрытие, хижина из веток и коры. Прозвище Шалаш могли дать строителю таких сооружений, человеку, который жил в шалаше (например, леснику или пастуху), либо тому, кто любил проводить время в лесу, вдали от дома. Возможен и переносный смысл: так могли назвать нелюдимого, замкнутого человека, который «живёт как в шалаше», сторонится людей.

Слово «шалаш» — тюркского происхождения (сравните с турецким şalaş — «шалаш, хижина»). В русские говоры оно вошло довольно рано, поэтому фамилия Шалашин — исконно русская, а не заимствованная. Она встречается в центральных и южных областях России, особенно в Поволжье и на Дону, где строительство временных жилищ было обычным делом у рыбаков и пастухов.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалашин — «сын Шалаша» или «из семьи Шалаша». Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на согласный (сравните: Плотник — Плотников, но если основа на -а, -я, то -ин: Шалаш — Шалашин). По той же модели возникли фамилии Шалашов (с суффиксом -ов, что встречается реже) и Шалашный (от прилагательного).

В некоторых говорах «шалашом» называли не только постройку, но и нечто непрочное, временное. Поэтому не исключено, что прозвище дали человеку непостоянному, «перекати-поле». Однако более вероятна первая, ремесленная версия: предок Шалашиных был строителем шалашей или жил в таком укрытии, что и закрепилось за его потомками.