Фамилия Шалдеева — женская форма фамилии Шалдеев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем родоначальника. В основе лежит слово «шалда» — так в русских говорах, особенно в сибирских и уральских, называли небольшой плот, паром или лодку-долблёнку. Соответственно, прозвище Шалда мог получить перевозчик, лодочник или мастер, делавший такие судёнышки. Это одна из самых правдоподобных версий, поскольку фамилия географически привязана к регионам, где речное хозяйство и переправа были частью повседневного быта.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или шипящий: Шалда → Шалдев (вариант написания через «е»). Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а. Если бы в основе было имя Шалдай (редкое, но возможное), фамилия звучала бы как Шалдаев, но здесь именно Шалдеев — с ударением на второй слог, что подтверждает связь с «шалдой», а не с тюркским «шалдай» (болтун, хвастун).

Встречается и другая версия: от диалектного глагола «шалдать» — шуметь, буянить, говорить вздор. В этом случае Шалда — прозвище человека крикливого или несерьёзного. Однако эта гипотеза менее убедительна: фамилии от подобных корней обычно имеют более широкое распространение, а Шалдеевы — фамилия довольно редкая и локальная. Словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова не дают прямых указаний на этот корень, что говорит о его маргинальности.

В дореволюционной России фамилия Шалдеев (и Шалдеева) не была дворянской или купеческой — она бытовала среди крестьян и мещан, особенно в Пермской, Вятской и Тобольской губерниях. Встречается и вариант написания «Шалдиев», но он связан с диалектным произношением, а не с другим корнем. Таким образом, предки современных Шалдеевых с большой вероятностью были речниками, паромщиками или плотниками, жившими у больших рек.