Фамилия Шалденко — классический пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVI–XVII веках массово закрепилась на Левобережной Украине (современные Черниговская, Полтавская, Сумская области). Суффикс -енко в этой традиции означал «сын» или «потомок»: Шалденко — буквально «сын Шалды», «маленький Шалда». Такая модель была характерна для казацкой старшины, мещан и крестьян, постепенно вытеснив более старые формы именования.

Основа фамилии — прозвище Шалда. В украинских говорах слово «шалда» имеет два основных значения. Первое — «шалун», «проказник», «озорник» (от глагола «шалити»). Второе, более редкое, — диалектное название рыбы (разновидность уклейки или мелкой плотвы). В этом случае прозвище мог получить рыбак или человек с характерной внешностью (например, юркий, вертлявый, как мелкая рыбешка). Встречается также версия, что Шалда — фонетический вариант имени Шалва (грузинского происхождения), но для украинской среды она маловероятна: фамилия Шалденко почти не фиксируется на Кавказе, зато плотно локализована в центральной и восточной Украине.

С точки зрения социальной истории, фамилии на -енко часто указывали на принадлежность к свободному сословию, а не к крепостным крестьянам, поскольку в Речи Посполитой и Гетманщине именно казаки и их потомки активно усваивали эту модель. Однако Шалденко — не дворянская фамилия; она не попала в «Малороссийский гербовник» и не связана с известными казацкими родами. Скорее всего, предок носителя был рядовым казаком или мещанином, получившим прозвище за живой нрав или занятие рыбной ловлей.

Встречается фамилия и в России, куда она попала вместе с миграцией украинского населения в XVII–XIX веках (особенно на Кубань, Дон, в Слобожанщину). В современных базах данных Шалденко чаще всего встречается в Харьковской, Днепропетровской и Запорожской областях, а также в Краснодарском крае. Написание фамилии устойчивое, без вариантов: ударение в ней падает на второй слог — Шалде́нко.