Фамилия Шалкаева — женская форма, а мужская, Шалкаев, образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе прозвища или имени прибавили суффикс -ев (после мягкой или шипящей основы). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шалка́ев.

Корень «шалк-» сразу отсылает к двум возможным источникам. Первый — тюркское слово «шалка» или «шалқа». В тюркских языках (казахском, башкирском, татарском) «шалка» означает «опора», «спинка», «задняя часть», а в переносном смысле — «упрямый», «неподатливый» человек. Такое прозвище могли дать человеку крепкому, стойкому или, наоборот, тому, кто «гнул свою линию». Второй вариант — диалектное русское «шалак», «шалай» — нерадивый, бестолковый человек или же, в некоторых говорах, шалун. Переход «шал-» в «шалк-» возможен через суффиксальное наращение, как в фамилиях Шалаев — Шалкаев.

География фамилии указывает на её распространение в Поволжье и на Урале, особенно среди татар, башкир и русских, долго живших в смешанной среде. Встречается она и на Северном Кавказе, где могла быть русифицированной формой местной фамилии. В дореволюционных записях фамилия Шалкаев фиксируется в Оренбургской и Уфимской губерниях — регионах, где тюркские прозвища легко переходили в русские фамилии при крещении или записи в метрические книги.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, которые образованы от крестильных имён (Иван — Иванов), Шалкаев почти наверняка прозвищного происхождения. Предок носителя фамилии не носил имени Шалкай — такого имени нет в святцах. Значит, в основе лежит именно уличное прозвище, данное по характеру или внешности. Это делает фамилию «говорящей»: она прямо сообщает о том, каким человека видели окружающие — упрямым, основательным или, наоборот, несерьёзным.

Таким образом, Шалкаевы — это потомки человека, которого в своём кругу называли Шалкаем. Корни фамилии уходят в тюрко-славянское пограничье, где бытовые прозвища легко переплетались, а суффикс -ев оформил их по русскому образцу.