Фамилия Шалкинская — женская форма, образованная от мужской фамилии Шалкинский. Такое окончание (-ский/-ская) типично для польской шляхты, украинской старшины, русских дворянских родов, а также для священнических фамилий, которые в XIX веке часто давали выпускникам семинарий по названиям церквей или сёл. Однако в случае с Шалкинскими есть и более бытовая, «народная» версия происхождения.

Основа фамилии — «Шалка». В русских говорах «шалка» могла означать шапку, колпак или меховую опушку. В переносном смысле «шалкой» могли прозвать человека, который носил заметный головной убор, либо того, кто шил шапки (скорняка или шапочника). Суффикс -ин- (Шалкин) указывает на принадлежность: «сын Шалки». Затем к основе добавился суффикс -ский, который в крестьянской среде нередко появлялся под влиянием моды на дворянские фамилии: переселенцы, получив землю или переехав в город, могли «облагородить» свою фамилию, превратив Шалкин в Шалкинский. Соответственно, Шалкинская — это либо жена Шалкинского, либо дочь в семье Шалкинских.

Географически фамилия редкая, встречается в основном на западе России и в Беларуси. Это подтверждает версию о польско-белорусском корне: на этих землях фамилии на -ский были распространены даже среди крестьян, а прозвище Шалка звучало бы естественно для местных говоров.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от названия населённого пункта Шалкино или Шалка. Такие топонимы есть в Псковской и Смоленской областях. Тогда фамилия Шалкинская означала бы «родом из Шалки». В таком случае носитель фамилии мог быть выходцем из деревни, а не потомком дворян.

Таким образом, Шалкинская — фамилия, которая скорее всего возникла из прозвища, связанного с головным убором или ремеслом, а затем получила «дворянское» оформление. Её редкость говорит о том, что род был немногочисленным или локальным.