Фамилия Шалоня — редкая и неоднозначная по происхождению. В её основе лежит прозвище или мирское имя, которое могло возникнуть в нескольких языковых средах. Самый очевидный путь — от слова «шалон» (или «шалонь»), которое в русских говорах, особенно на северо-западе, имело значение «шаль, дурь, бестолковщина» или «ошибка, промах» (ср. «шалить», «шалашный»). В таком случае Шалоня — это человек, склонный к дурачеству, чудаковатый или несерьёзный. Однако не менее вероятна географическая версия: название французского города Шалон-ан-Шампань (Châlons-en-Champagne), известного в истории международной торговли. Через него проходил путь «из варяг в греки»? Вряд ли, но в XVI–XVII веках в Россию приезжали мастера и купцы из разных земель, и прозвище Шалоня мог получить выходец оттуда или человек, торговавший «шалонским» товаром (сукном, вином).

Суффикс -я в фамилии Шалоня не характерен для типичных русских фамилий (на -ов, -ин, -ский). Он указывает на западнорусское или, скорее, украинское, белорусское происхождение. В этих языках суффикс -я часто образует уменьшительные или уничижительные формы имён и прозвищ (ср. Гриця, Петря). Фамилия могла закрепиться в форме, близкой к исходному прозвищу, без дополнительных родовых окончаний. Встречается она преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Украины, Белоруссии, а также в южнорусских областях.

Третья, более спорная версия, выводит Шалоню из литовского или балтского корня. В литовском šalà означает «сторона, край», а šalonis — «боковина, приток». В таком случае прозвище могло означать человека, жившего на отшибе, на краю села, или того, кто переселился «со стороны». Эта гипотеза менее вероятна, но не исключена, учитывая, что фамилия могла возникнуть на землях Великого княжества Литовского, где балтские и славянские элементы переплетались.

Сословная принадлежность носителей фамилии Шалоня не прослеживается по массовым данным. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая от прозвища, которое дали в быту, а не от имени святого или ремесла. Потому что, в отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто образовывались от крестильных имён, Шалоня — прозвищная, «уличная» фамилия, которая закрепилась в документах именно в той форме, в какой человека называли в миру.

Итог: фамилия Шалоня, скорее всего, происходит от прозвища, данного за характер (чудаковатый, шаловливый) или за место жительства (на краю, у стороны). Наиболее правдоподобна славянская версия с корнем «шал-» (шалить, шаль), а суффикс -я выдаёт её западнорусское или украинское происхождение.