Фамилия Шалотина образована по довольно редкой для русских фамилий модели — с помощью суффикса -ин от основы, оканчивающейся на -а. Чаще всего такие фамилии происходят от женских прозвищ или имен, но здесь случай иной: основа «Шалот» — мужского рода. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шалотин, то есть сын Шалота. Женская форма Шалотина закрепилась в документах как исходная, что типично для ситуаций, когда фамилия впервые фиксировалась в семье через женщину (например, вдову).

Корень «шалот» — неканоническое прозвище. В русских говорах «шалый» означает взбалмошного, неспокойного человека, а «шалить» — проказничать. Однако форма «Шалот» могла возникнуть и от тюркского имени Шалот (встречается у татар и башкир), где «шал» — «седой», «старый», а -от — уменьшительный суффикс. В этом случае предок мог быть выходцем из тюркоязычной среды, получившим прозвище за раннюю седину или почтенный возраст.

Географически фамилия Шалотина тяготеет к центральным и южным регионам России: встречается в Воронежской, Тамбовской, Рязанской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает обе версии — и русскую (диалектную), и тюркскую (через контакты с татарами-мишарями или чувашами). В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами, реже — мещанами.

Однокоренных фамилий немного: Шалимов, Шалый — но они восходят к другим суффиксам. Шалотина стоит особняком именно из-за необычного окончания основы: если бы прозвище звучало как «Шалый», фамилия была бы Шалых или Шалый, а «Шалот» — редкая, возможно, заимствованная форма. Это делает фамилию ценной для ономастов как пример перехода тюркского имени в русскую фамильную модель.

В современных базах данных фамилия нечастотна: по переписи 2002 года в России насчитывалось около 200 носителей. Среди них нет публичных деятелей — фамилия осталась в кругу сельских и городских обывателей.