Фамилия Шалтанис — один из тех случаев, когда география носителя подсказывает ответ быстрее, чем разбор корня. По модели образования это типичная литовская фамилия с суффиксом -ис (-is). В литовском языке этот суффикс — маркер мужского рода в именительном падеже, и он превращает прозвище или имя в фамилию. Если бы носитель был поляком, фамилия звучала бы как Шалтаньский, если бы русским — Шалтанов. Но окончание -ис однозначно указывает на литовское происхождение.

Основа фамилии — «шалтас» (šaltas), что по-литовски значит «холодный». Это не описание погоды, а прозвище. В литовской ономастике прозвища по характеру или внешности — обычное дело. «Холодным» могли назвать человека сдержанного, неэмоционального, равнодушного или того, кто «холоден» в общении. Есть и другая, менее вероятная версия: от литовского «šaltis» — холод, стужа, но в фамилиях чаще встречается прилагательное.

Любопытно, что фамилия Шалтанис распространена не в Литве повсеместно, а имеет заметный очаг в северо-восточной части страны, особенно в Паневежском и Утенском уездах. Это даёт намёк на то, что прозвище могло быть местным, деревенским, а не городским. В XIX веке, когда литовские крестьяне массово получали постоянные фамилии (после отмены крепостного права в 1861 году в Российской империи, куда входила и Литва), такое прозвище могли закрепить за целой семьёй.

В русскоязычной среде фамилию часто коверкают: пишут «Шалтанис» с ударением на второй слог, хотя по-литовски ударение падает на первый — «Шялтанис» (с мягким «ш»). Встречается и вариант «Шалтонис», но это уже результат путаницы с другими литовскими фамилиями на -онис. Редкость фамилии (в России её носят буквально единицы) говорит о том, что род, скорее всего, не был многочисленным или сильно разветвлённым. Предки Шалтанисов — литовские крестьяне, жившие на хуторах или в небольших деревнях, и фамилия досталась им от предка, которого за глаза называли Холодным.