Фамилия Шалубина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Шалубин. А та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Шалуба. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалубин буквально означает «сын Шалубы» или «человек из семьи Шалубы». Это типичная модель для северных и центральных регионов России, где отчества на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Корень «шал-» в русских говорах многозначен. Чаще всего он связан с глаголом «шалить» — проказничать, озорничать. Шалубой могли называть непоседливого ребёнка, баловника или человека с весёлым, несерьёзным нравом. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «шалуба» означала «шалун» или «повеса», но с оттенком не столько злого умысла, сколько лёгкости и живости характера. Таким образом, прозвище могло быть не обидным, а скорее бытовым, описывающим манеру поведения.

В ономастике фамилии на -ин от прозвищ с суффиксом -уб встречаются редко. Обычно суффикс -уб характерен для украинских фамилий (например, Шалубой — от «шалуба» как «шалопай»), но в русской среде он мог закрепиться через переселенцев или через местные говоры, где такой суффикс придавал прозвищу уменьшительно-ласкательный оттенок. Это делает фамилию Шалубина более локальной и менее распространённой, чем, скажем, Шалимов или Шалов.

Географически фамилия Шалубина встречается в основном в центральной России и Поволжье, но не массово. В дореволюционных переписях носители чаще всего были крестьянами или мещанами — сословных ограничений для такого типа фамилий не было, но дворянская среда редко брала прозвища с «бытовой» основой. Так что предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми простого звания, и прозвище Шалуба закрепилось за родоначальником как меткая характеристика его нрава.