Фамилия Шамакин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, она не связана с шаманами. Корень здесь — каноническое имя Шамак, которое является уменьшительной или диалектной формой от крестильного имени Шемах (в церковной традиции — Сим, сын Ноя). В русских говорах имя могло искажаться до Шамак, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шамакин, то есть потомок Шамака.

Есть и вторая, бытовая версия. В некоторых регионах «шамакать» означало «шепелявить» или «говорить невнятно». Прозвище Шамак могли дать человеку с особенностью речи. В пользу этого говорит живая природа многих русских фамилий, образованных от физических или поведенческих черт. Однако первая версия (от имени) надёжнее: она вписывается в обширный круг фамилий на -ин от сокращённых форм крестильных имён (Петя — Петин, Вася — Васин, Шамак — Шамакин).

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и северным областям России, особенно к бывшим территориям Вологодской и Костромской губерний. Там старые крестьянские роды часто сохраняли архаичные формы имён, не дошедшие до литературного языка. В дворянских родословных книгах Шамакины не значатся — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, что типично для моделей с суффиксом -ин.

Любопытно, что однокоренные фамилии — Шемакин, Шамов, Шамахов — встречаются чаще, но Шамакин остался в тени. Его носители, скорее всего, потомки одного конкретного Шамака, чьё имя случайно не стёрлось из памяти поколений.