Фамилия Шанченков образована от прозвища или имени Шанка. Основа Шанк- восходит к тюркскому слову «шанк» — «слава, известность», либо к диалектному русскому «шанька» — так в некоторых областях называли младшего, любимого сына, иногда с оттенком ласкательности. Вторая версия кажется более вероятной для русской фамильной модели: суффикс -енков указывает на происхождение от имени с окончанием -ка, а такие уменьшительные формы (Шанка, Шаня) были типичны для бытового общения в крестьянской среде.

Фамилия построена по патронимической схеме, характерной для южнорусских и западнорусских земель. Суффикс -енков (вместо северного -ов) встречается в фамилиях из регионов, где исторически смешивались русские, украинские и белорусские говоры — например, в Курской, Орловской, Воронежской губерниях. Шанченков, таким образом, означал «сын Шанки», то есть потомок человека, носившего это прозвище.

Встречаются варианты написания Шанченко, Шанченковы — последняя форма характерна для документов XIX века, когда фамилии ещё не были окончательно закреплены. В переписных книгах и ревизских сказках можно найти обе записи, что говорит о живой народной традиции, а не о едином канцелярском стандарте.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, Шанченков сохранил редкий суффиксальный элемент. Если сравнивать с однокоренными Шаньков, Шанцев, то Шанченков стоит особняком: он явно образован не от полного канонического имени (как, скажем, Иванов), а от местного, диалектного прозвища. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами из южных уездов России, где такие формы бытовали повсеместно.