Фамилия Шапченкова — женская форма фамилии Шапченков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — «Шапченк(о)», а суффикс «-ов» указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Шапченков, то есть сын или потомок Шапченка. Сама же основа «Шапченко» — это украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища Шапка. Уменьшительно-ласкательный суффикс «-енк(о)» в украинском языке означает «маленький» или «сын», так что Шапченко — буквально «маленькая шапка» или «сын Шапки».

Прозвище Шапка в старину давали не только тому, кто носил заметный головной убор, но и ремесленнику-шапочнику, либо человеку с характерной внешностью (например, с круглой головой). В словаре русских фамилий Б. Унбегауна такие прозвища описаны как типичные для людей, чья профессия или внешность были связаны с одеждой. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ин», которые преобладают на севере и в центре России, модель на «-енко» характерна для украинских земель, а суффикс «-ов» добавился уже при русификации фамилии — например, при переезде носителя в великорусские губернии или при записи в документы.

Таким образом, предок современных Шапченковых, скорее всего, жил на территории современной Украины или юга России (Курская, Воронежская области) и носил прозвище Шапка, а его потомки, получив фамилию Шапченко, позже обрусели, добавив окончание «-ов». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская — такие «простые» прозвища редко давали знати. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси. Написание через «а» (Шапченкова, а не Шопченкова) закрепилось под влиянием акающих говоров.