Фамилия Шаниа — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение почти наверняка не славянское. В русской ономастике фамилии на -иа нетипичны: наша система словообразования использует суффиксы -ов, -ин, -ский, а окончание -иа выдает иноязычный след. Скорее всего, перед нами грузинская фамилия. В грузинском языке фамилии нередко оканчиваются на -иа (например, Гулиа, Бериа, Топуриа), и Шаниа вписывается в этот ряд. Основа Шан- может восходить к грузинскому слову «шани» — «вино», либо к имени собственному Шана, которое иногда связывают с арабским «шана» (великолепие, достоинство). В Грузии фамилия Шаниа встречается в основном в западных регионах, особенно в Мегрелии, где окончание -иа распространено шире всего.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — абхазские корни. В абхазском языке есть фамилии с похожим звучанием (Шания), и они иногда трансформируются в Шаниа при русификации. Однако в таком случае исходная форма обычно содержит суффикс -иа, обозначающий принадлежность к роду.

В любом случае, фамилия Шаниа не имеет отношения к русскому крестьянскому или дворянскому сословию — это типичная фамилия народов Кавказа, где родовые имена складывались по иным моделям. Носители этой фамилии, вероятно, были связаны с виноделием, если принять первую версию, или же просто происходили из древнего рода, закрепившего за собой имя основателя. Встретить Шаниа в исконно русских регионах можно, но это почти всегда результат миграции или смешанных браков.