Фамилия Шаниш — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не типичная крестьянская или дворянская фамилия центральной России. Скорее всего, это фамилия, возникшая на стыке языков и культур, и её корни стоит искать не в русском языке, а в тюркских или иранских наречиях.

Самый прямой путь к разгадке — слово «шаниш» в тюркских языках, например, в казахском или татарском. Там «шаниш» или «шану» может означать «уважение», «почёт», «слава». В таком случае фамилия образована от личного прозвища или имени, данного человеку, пользовавшемуся авторитетом, либо же от прозвища, данного в насмешку — как антипода этим качествам. Встречается также вариант, где «шаниш» восходит к персидскому «шан» (достоинство, величие) с тюркским суффиксом -иш, образующим отвлечённое понятие. Таким образом, фамилия могла означать «почётный», «достойный».

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом. В Крыму и на Кавказе есть небольшие географические объекты с похожими названиями (например, урочище Шаниш). Тогда фамилия могла достаться выходцу из этих мест. Однако в русской традиции такие фамилии обычно получали суффикс -ский, поэтому вариант без него — признак более прямого, народного заимствования.

С точки зрения словообразования, фамилия Шаниш стоит в чистой форме, без патронимического суффикса. Это характерно для фамилий, которые зафиксировали прозвище или имя в том виде, в каком оно бытовало в устной речи. Обычно такие фамилии встречаются у народов Поволжья, Урала или Сибири, где тюркские имена легко входили в русский обиход. В метрических книгах XIX века фамилия Шаниш изредка встречается среди крещёных татар и башкир, а также в среде казачества, где смешение культур было особенно сильным. Носители фамилии — скорее всего, потомки людей, говоривших на тюркском языке, но живших в русскоязычном окружении.