Фамилия Шантун — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль о заимствовании или искусственном происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде духовенства или в результате позднего оформления паспортных записей, когда исходное слово записали на слух без адаптации.

Самая прямая версия — топонимическая. Шантун — это русская транслитерация названия китайской провинции Шаньдун. В XIX — начале XX века, особенно после постройки КВЖД, контакты русского населения с Китаем были активными. Фамилию Шантун мог получить русский миссионер, купец или чиновник, долго живший в той провинции, или семинарист, которому дали «географическую» фамилию при поступлении в духовное училище. В семинарской среде такие фамилии от названий дальних стран и городов давали нередко — чтобы подчеркнуть стремление к просвещению или в память о служении.

Есть и более прозаичное объяснение. В некоторых говорах «шантун» или «шантýн» могло быть искажённым вариантом слова «шантáж» (от франц. chantage) или диалектным прозвищем человека, который «шантунит» — то есть вымогает, торгуется. Но эта версия слабее: такая лексика редко становилась основой фамилий, а само слово «шантун» не фиксируется в словарях русских говоров как устойчивое.

Вероятнее всего, фамилия Шантун — искусственная, книжная. Её носители почти наверняка были либо из духовного сословия (священники, дьячки, семинаристы), либо из семей, связанных с дипломатической или торговой миссией в Китае. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не имеет массовой географии — единичные записи встречаются в центральных губерниях России и на Дальнем Востоке.