Фамилия Шапеков образована от прозвища или имени Шапек. Это типичная для тюркских народов фамилия, распространённая среди казахов, башкир и татар. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, которая закрепилась в документах после присоединения этих регионов к Российской империи.

Основа Шапек восходит к тюркскому слову «шап» (быстрый, резкий) или к глаголу «шабу» (рубить, сечь, нападать). В таком случае Шапек — это прозвище бойкого, стремительного человека или воина. Есть и вторая версия: в некоторых тюркских диалектах «шапек» означало «маленький, короткий» — так могли прозвать невысокого человека. Третий вариант связывает фамилию с арабским именем Шафик (сострадательный, милосердный), которое в народном произношении могло превратиться в Шапек.

В отличие от распространённых славянских фамилий на -ов, Шапековы почти не встречаются в центральной России. Основной ареал — Оренбургская, Челябинская области и Башкортостан, а также Казахстан. Это указывает на башкирское или казахское происхождение носителей, которые получили фамилию при переписях XIX — начала XX века.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шапеев, Шапиев, Шапкин. У них разная география и разное происхождение. Шапеков выделяется именно тюркским корнем и чёткой региональной привязкой к Южному Уралу и Северному Казахстану.