Фамилия Шапиханов восходит к мусульманскому имени Шапихан. Как и многие другие арабские имена, оно является составным: основой для него послужили Шапи («хороший, превосходный») и Хан («правитель»). Таким образом, Шапихан – «превосходный правитель».