Фамилия Шапиханова восходит к мусульманскому имени Шапихан. Как и многие другие арабские имена, оно является составным: основой для него послужили Шапи («хороший, превосходный») и Хан («правитель»). Таким образом, Шапихан – «превосходный правитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шапихановых можно лишь на основании генеалогических исследований.