Фамилия Шапшаева — женская форма фамилии Шапшаев, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище Шапшай. В отличие от массы фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или названий профессий, эта фамилия скорее всего восходит к тюркскому пласту русской лексики и ономастики.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «шапша» или «шапшак». В ряде тюркских языков (например, в казахском, татарском, башкирском) «шапшак» означает «быстрый», «проворный», «скорый на ногу». Прозвище Шапшай могли дать человеку с живым, подвижным характером, торопыге или, наоборот, тому, кто славился расторопностью в делах. Вполне возможно, что прозвище закрепилось за человеком, который быстро ходил или работал.

Вероятна и другая, менее распространённая версия — связь с глаголом «шапшать» (диалектное, южнорусское), означающим «шептать», «говорить тихо и быстро». В этом случае Шапшаем могли прозвать неразборчиво или торопливо говорящего человека. Однако тюркская этимология выглядит более убедительной, учитывая, что фамилия распространена в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах активного контакта с тюркскими народами.

Суффикс -ев в мужской форме Шапшаев указывает на принадлежность: сын Шапшая, потомок Шапшая. Фамилия не является ни дворянской, ни священнической — это типичный пример крестьянской или казачьей фамилии, возникшей из уличного прозвища. Встречается она нечасто, но стабильно фиксируется в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Носительницы фамилии Шапшаева могут с уверенностью связывать свою родословную с людьми, которых в XVII–XIX веках называли за скорость, бойкость или особую манеру речи.