Фамилия Шаптина — редкий случай, когда написание напрямую указывает на способ её образования. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ев, который обычно добавляется к мужским именам и прозвищам. Суффикс -ин в фамилии Шаптина — притяжательный, он отвечает на вопрос «чей?». Следовательно, в основе лежит слово, обозначающее лицо женского пола: Шапта.

Вероятнее всего, Шапта — это женское прозвище или, что более правдоподобно, старинное нецерковное имя. В русской ономастике известна традиция давать женщинам прозвища по головным уборам: Шапка, Шапочка. Форма Шапта могла возникнуть как диалектный вариант или уменьшительно-ласкательное от «шапка» с характерным для северных и сибирских говоров окончанием -а. Тогда Шаптина — дочь или жена женщины по прозвищу Шапта. Это объясняет, почему фамилия не склоняется как мужская (Шаптинов), а сразу закрепилась в женском роде.

Есть и другая, менее очевидная версия, связанная с географией. В бассейне Северной Двины и в Вятской губернии встречается слово «шапта» — так называли болотистое место, мочажину. Если предок жил у такого болота, его могли прозвать Шаптой или дать фамилию по месту жительства. Но это объяснение слабее: топонимические прозвища редко давались в такой краткой форме и почти всегда обрастали суффиксами -ский или -ов.

Самый надёжный вывод: фамилия Шаптина происходит от прозвища Шапта, данного женщине, — скорее всего, носившей заметный головной убор. Поскольку фамилия зафиксирована в основном в северных и центральных регионах России (Архангельская, Вологодская, Костромская области), версия с диалектным произношением «шапка» как «шапта» выглядит наиболее убедительной. Носителей фамилии немного, она не попала в массовые реестры дворянства или купечества — значит, предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени матери или бабки.