Фамилия Шапатина, как и многие русские фамилии на -ин, образована от прозвища или имени, оканчивавшегося на -а/-я. Основа здесь — «Шапата». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где суффикс -ин присоединялся к основам на -а, в отличие от южных областей с преобладанием -ов/-ев.

Самое вероятное объяснение корня «шапат-» — связь с диалектным словом «шапать» или «шапаться», которое в ряде говоров означало «шлёпать», «чавкать», «медленно идти» или «делать что-то небрежно». Соответственно, прозвище Шапата мог получить человек неторопливый, неуклюжий или тот, кто, например, шлёпал по грязи. В некоторых областях «шапать» значило также «болтать попусту» — тогда прозвище могло указывать на говорливого человека.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими языками, где «шапа» или «шапан» означает «халат», «верхняя одежда». В таком случае Шапатой могли прозвать мастера по шитью халатов или человека, носившего характерную одежду. Однако для фамилии Шапатина эта гипотеза слабее: тюркские заимствования чаще давали фамилии на -ов (Шапанов), а не на -ин.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шапаты. Первоначально Шапатиными называли детей или потомков человека с прозвищем Шапата. Со временем фамилия закрепилась и перестала осознаваться как указание на родство.

Интересно, что фамилия Шапатина — женская форма, а мужская — Шапатин. В русской традиции такие фамилии склоняются по падежам, что отличает их от фамилий на -ово/-аго. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждает её исконно русское происхождение из среды крестьян или посадских людей.