Фамилия Шапатова — женская форма мужской фамилии Шапатов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Шапат. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа фамилии не имеет очевидных параллелей с распространёнными словами вроде «шапка» или «шагать». Скорее всего, корень «шапат» — диалектный или заимствованный.

Наиболее вероятная версия отсылает к тюркским языкам. В татарском, башкирском или казахском слово «шапат» (или близкое «шапатлау») может означать «хвалить», «восхвалять» или «одобрять». Соответственно, прозвище Шапат могли дать человеку хвастливому, любящему похвалу или, наоборот, тому, кого часто хвалили окружающие. В таком случае фамилия Шапатов — это русифицированная форма тюркского прозвища с добавлением типичного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «сын Шапата».

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектом. В некоторых говорах «шапать» означает «шлёпать», «идти вразвалку» или «делать что-то небрежно». Прозвище Шапат могло закрепиться за медлительным, неуклюжим человеком. Однако эта версия слабее, так как глагол «шапать» редок и не даёт устойчивой модели для образования фамилии.

Географически фамилия Шапатова встречается в основном в Поволжье и на Южном Урале — в регионах с исторически сильным тюркским влиянием (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область). Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере: предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из смешанных русско-татарских поселений.

Суффикс -ов в фамилии Шапатов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не несёт дополнительной сословной нагрузки. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Таким образом, Шапатова — фамилия, корни которой уходят в межэтническое общение на границе русских и тюркских земель, а её основа, скорее всего, связана с характеристикой человека — хвастуна или того, кого хвалили.