Фамилия Шапаев ведет свое начало от киргизского глагола «шапай», которое переводится на русский язык как «осунуться», т.е. «сильно похудеть (о лице)». Вполне возможно, что это слово легло в основу прозвища Шапай, которое мог носить худощавый человек. Возможно, фамилия восходит к персидскому имени Шап («хороший, превосходный») и татарскому слову «ай», которое переводится как «луна». В таком значении слово присоединялось к женским именам, а к мужским — со значением «счастье, счастливый час».