Фамилия Шапаков — один из тех случаев, когда на слух корень кажется ясным, а на деле всё сложнее. Самая прямая версия — от прозвища Шапак, которое могло относиться к человеку, носившему шапку особого покроя, либо выделявшемуся ею. Но в русской ономастике тут есть нюанс: суффикс -ов указывает на патроним (чей? — Шапаков), а вот основа «шапак» в восточнославянских говорах встречается редко. Чаще говорят «шапка», «шапочник». Поэтому вероятнее, что фамилия тюркского происхождения.

В тюркских языках «шапак» (или «чапак») означает «вспышка», «молния», «зарево» или «рассвет». Прозвище могли дать человеку с быстрым, ярким нравом или тому, кто родился на рассвете. В казахском, башкирском и татарском языках встречаются однокоренные слова. Фамилия Шапаков распространена среди татар, башкир, казахов и в смешанных регионах Поволжья и Урала — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской, Челябинской областях. География подсказывает, что предки носителя фамилии с большой вероятностью были тюркоязычными, а фамилию русифицировали при переходе на русское делопроизводство, добавив типовое окончание -ов.

Есть и менее популярная версия: от украинского или белорусского слова «шапак» — «кафтан» или «верхняя одежда». Тогда Шапаковым мог стать сын портного или человека, торговавшего такой одеждой. Но эта гипотеза слабее: фамилия практически не фиксируется на западе России и Украины, а основной массив носителей сосредоточен на востоке.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Шапак + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, на последнем слоге — Шапакóв, хотя в разговорной речи встречается вариант на первый слог. Родственные фамилии — Шапакин, Шапаковский, Шапак (без суффикса, как у тюркских народов). В метрических книгах XIX века фамилия встречается среди крестьян и мещан, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.