Фамилия Шапатрин — редкий пример, где основа не очевидна на первый взгляд, а суффикс подсказывает, кем был предок. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь работает суффикс -ин, который в русской антропонимии указывает на принадлежность: «чей?» — Шапатрин, то есть сын или потомок Шапатра. Вопрос упирается в само прозвище Шапатр.

Самая вероятная версия связывает Шапатра с диалектным словом «шапать» — шлёпать, хлопать, идти вразвалку или небрежно. В южнорусских и украинских говорах «шапать» могло означать «чавкать» или «месить грязь». Соответственно, прозвище Шапатр (с суффиксом -тр, как в «шапатр» или «шапать + -р») дали человеку с характерной походкой — шаркающей, неуклюжей, или тому, кто ходил по грязи, шлёпая ногами. Суффикс -тр в прозвищах встречается нечасто, но известен: ср. «топтырь» от «топтать», «болтырь» от «болтать». Шапатр — из того же ряда, звукоподражательно-описательное.

Менее убедительная версия выводит основу из тюркских языков, где «шап» может означать «быстрый» или «удар». Но в таком случае форма Шапатр выглядит искусственной: тюркские прозвища обычно давали в виде Шапай или Шапак, а суффикс -ин пришёл бы от русского отчества. Прямых тюркских параллелей к «Шапатр» нет, поэтому диалектная русская версия надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России — встречается в документах по Воронежской, Ростовской областям и Краснодарскому краю. Это косвенно подтверждает южнорусское происхождение прозвища. Сословно предки Шапатрины, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — в этих слоях прозвища закреплялись в фамилиях особенно прочно.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шапарь, Шапкин, Шаповалов — показывает, что Шапатрин стоит особняком. Если Шаповал — от «шаповал» (валяльщик шапок), то в Шапатрине нет следа ремесла. Это чисто прозвищная фамилия, образованная от характеристики человека, а не от профессии или имени. Такие фамилии ценны тем, что сохраняют живые черты народной речи — в данном случае, слово, которое почти исчезло из языка, но осталось в фамилии.