Фамилия Шарафитдинова — женская форма мужской фамилии Шарафитдинов. В основе лежит арабское составное имя Шарафитдин, которое на русский переводится как «честь (или благородство) веры». Первая часть «шараф» означает «честь, почет, достоинство», вторая — «дин» («вера, религия»). Имя это было популярно в среде мусульманского духовенства и образованных слоев населения, поэтому предок-носитель такого имени мог быть либо уважаемым религиозным деятелем, либо человеком, получившим хорошее по тем временам образование.

Модель образования фамилии типична для тюркских народов, исповедующих ислам: к восточному имени добавляют русский патронимический суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова»). Фамилия указывает на происхождение из татарской или башкирской среды, реже — из среды кавказских народов (например, кумыков или азербайджанцев), где такие имена тоже встречаются. В русском языке фамилия склоняется по правилам притяжательных прилагательных: Шарафитдиновой, Шарафитдинову.

Интересно, что в отличие от многих арабских имен, которые пришли в тюркские языки через Коран, имя Шарафитдин — более «книжное», оно редко давалось простым крестьянам. Поэтому носители фамилии, скорее всего, происходят из семей, где грамотность и религиозное знание ценились. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и в среде татарской диаспоры в других регионах России.