Фамилия Шарафонова — женская форма, а её мужской вариант — Шарафонов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шарафон. Это слово — яркий пример того, как в русских фамилиях закрепились имена из восточных языков, адаптированные на славянской почве.

Скорее всего, имя Шарафон восходит к арабскому «шараф» — «честь», «слава», «достоинство». В тюркских языках, через которые такие имена чаще всего проникали в русскую среду, слово «шараф» или «шереф» означало то же самое, а также «почёт», «знатность». Имя Шараф (Шереф) было распространено у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам. В русском обиходе оно могло трансформироваться в более привычную по звучанию форму Шарафон, с типичным для русской адаптации окончанием -он (как, например, от имени Арафат — Арафон).

Модель образования фамилии стандартна: суффикс -ов присоединился к основе Шарафон. Такие фамилии в центральной России чаще всего получали люди, чей отец или предок носил это имя. То есть Шарафоновы — это потомки человека по имени Шарафон. Встречается и менее вероятная версия: что прозвище Шарафон дали человеку с пышной, шевелящейся шевелюрой — от диалектного глагола «шарафонить» (ерзать, шевелиться), но эта гипотеза не имеет серьёзной поддержки в ономастике, так как глагол редок и локально ограничен.

Фамилия не относится к числу частых, но встречается в регионах с исторически смешанным русско-татарским населением — в Поволжье, Приуралье, а также в казачьих областях. В метрических книгах XIX века Шарафоновы фиксируются, например, в Оренбургской и Самарской губерниях. Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами, реже — купцами. Таким образом, фамилия Шарафонова — это окаменевшее свидетельство культурного обмена: восточное имя, обозначавшее честь и благородство, стало фамилией русских людей, утратив при этом прямую связь с исходным значением, но сохранив память о предке.