Фамилия Шарафанов образована от прозвища или имени Шарафан, а в её основе лежит тюркское слово «шараф» — «честь», «достоинство», «слава». Встречается оно и в арабском языке в том же значении. Таким образом, Шарафан — это человек, которого прозвали «почётным», «уважаемым», либо же так могли назвать ребёнка с пожеланием, чтобы он вырос достойным и славным.

Модель типичная для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный прибавили патронимический суффикс -ов. Шарафанов буквально значит «сын Шарафана» или «потомок Шарафана». Такие фамилии в XV–XVII веках активно усваивались русским населением, особенно на территориях, где были сильны тюркские влияния — в Поволжье, на южных и восточных окраинах Московского государства.

Интересно, что в некоторых говорах «шарафан» могло быть искажением слова «сарафан» — женской одежды. Но эта версия маловероятна для прозвища: прозвища от названий одежды возможны (например, Шуба, Кафтан), но в случае с Шарафановым они не подкреплены ни географией распространения фамилии, ни историческими записями. Тюркское происхождение куда логичнее: корень «шараф» встречается в татарских, башкирских, казахских именах (Шараф, Шарафетдин), а суффикс -ан мог быть уменьшительно-ласкательным или просто адаптировать имя под русское произношение.

Фамилия редкая, не входит в списки самых частых русских фамилий. Встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в среде татарской и башкирской диаспоры. В дворянских родословных книгах Шарафановы не значатся — скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию при переписях. Однокоренные фамилии — Шарафов, Шарафутдинов, Шарафетдинов — подтверждают общую основу.