Фамилия Шатинин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или нецерковного имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс указывает на «сына» или «потомка» человека, которого звали Шатя. Основа Шат- встречается в русских говорах в нескольких значениях, и это делает фамилию неоднозначной для истолкования.

Самая вероятная версия связывает Шатю с глаголом «шататься» — бродить без дела, скитаться или качаться из стороны в сторону. В диалектах северных и сибирских областей «шатень» означало непоседу, бродягу или человека с неустойчивой походкой. Прозвище Шатя могли дать беспокойному ребенку или взрослому, который часто менял место жительства. В этом случае фамилия Шатинин — типичный пример прозвищной фамилии, закреплявшей за родом характерную черту первого носителя.

Менее распространенная, но лингвистически возможная версия — связь с диалектным словом «шат» в значении «сруб», «шалаш» или «временное жилье». В некоторых говорах «шат» означало также крышу или навес. Тогда Шатей могли прозвать плотника, строителя или человека, жившего в шатре. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвища от названий построек в русской антропонимии встречаются реже, чем от глаголов движения или качеств характера.

Суффикс -ин в фамилии указывает на её древнее происхождение: такие фамилии в основном закрепились в северных и центральных областях России, а также на Урале. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от крестильных имён, Шатинин стоит в ряду прозвищных фамилий, где основа — народное, бытовое имя. Сословно фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и посадским людям, поскольку прозвища такого типа были распространены во всех слоях общества.

Встречается и вариант написания Шатеннин, но он редок и, скорее всего, является результатом ошибки переписчиков или диалектного произношения. Однокоренные фамилии — Шатов, Шаталов, Шатский — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что подтверждает широкое бытование основы Шат- в русской ономастике.