Фамилия Шаткун — редкая и звучная. Её появление в русском ономастиконе, скорее всего, связано не с исконно славянским корнем, а с заимствованием из тюркских языков. В основе лежит слово «шаткун» или близкие к нему варианты, которые в тюркских наречиях могут означать «беспокойный», «суетливый», «непоседливый» или «шальной». Это прозвище могли дать человеку с живым, непоседливым характером, который не сидел на месте.

Модель образования фамилии — без суффикса, так называемая «чистая» основа. В русской среде такие фамилии (Кузьма, Сорока, Шаткун) обычно сохраняли исходную форму прозвища. В тюркской же традиции фамилии на -ов/-ев или -ин встречаются чаще, поэтому форма Шаткун без окончания может указывать на то, что фамилия либо была русифицирована не полностью, либо закрепилась в виде прозвища, которое затем стало наследственным.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России, Поволжью или Западной Сибири — областям активных контактов с тюркскими народами. Встречается она редко, и это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов. Сравните с более распространёнными Шатковыми или Шатскими — у Шаткунов другой, более яркий и «прозвищный» оттенок.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «шатать» (шататься) через диалектное слово «шаткун» — «тот, кто шатается, бродит». Но тюркское происхождение выглядит убедительнее, потому что в русских говорах такой суффикс (-кун) для образования имён нехарактерен, а в тюркских — обычен. Так что предок человека с фамилию Шаткун был, по всей видимости, человеком подвижным и энергичным, за что и получил своё запоминающееся прозвище.