Фамилия Шаукенова — явный пример фамилий тюркского происхождения, распространённых в среде казахов, башкир, татар и других народов, исповедующих ислам. Её основа — мужское имя Шаукен, которое в свою очередь образовано от арабского «шаук» (жажда, страстное желание, а также шип, колючка). В переносном смысле имя могло означать «острый, как шип», «пронзительный» или «тот, кто вызывает сильное желание». Суффикс -ов (-ева) — русский патронимический формант, который добавили к имени при оформлении фамилий в период Российской империи, когда у кочевых народов начали фиксировать родовые имена по русскому образцу.

Интересно, что в казахском языке имя Шаукен нередко воспринимается как краткая форма более длинных имён, например, Шаукат (от арабского «шаукат» — могущество, величие) или Шакиржан. Поэтому фамилия Шаукенов может скрывать в себе значение «сын могущественного» или «потомок Шауката». В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), здесь он — чисто формальный признак документирования, не меняющий тюркской основы.

Географически фамилия Шаукенова чаще всего встречается в Казахстане, особенно в западных и центральных регионах (Актюбинская, Кызылординская области), а также среди казахской диаспоры в России (Оренбуржье, Астраханская область). В дореволюционную эпоху носители этой фамилии относились к «кара-суйек» (чёрная кость) — то есть к простым скотоводам или земледельцам, а не к аристократии (ак-суйек). Род мог принадлежать к одному из казахских жузов, но точное происхождение (к какому роду и племени) без генеалогического древа определить невозможно.

В написании фамилии встречается вариативность: Шаукенова (с буквой «е» после «к») — стандартный вариант для женщин, и Шаукенов — для мужчин. Иногда в старых метрических книгах можно найти форму Шаукен-ов, через дефис, что подчёркивает искусственность «русского» окончания. Редкая особенность этой фамилии — ударение: в казахской среде его ставят на последний слог (Шаукеновá), а в русскоязычном быту — на второй (Шáукенова), что часто приводит к путанице при произношении.

Если сравнивать Шаукенову с однокоренными фамилиями (Шаукатов, Шакиров, Шаяхметов), то она стоит особняком из-за суженной основы. В то время как Шаукатов прямо отсылает к арабскому «шаукат», Шаукенов — это более локальный, «народный» вариант, где имя прошло через бытовое сокращение. Это типично для казахской ономастики: полное имя в быту укорачивали, а потом в фамилию записывали именно сокращённый вариант. Так что предки Шаукеновой, скорее всего, были простыми кочевниками, чьё имя в официальных документах записали со слуха, не задумываясь о точном арабском корне.