Фамилия Шауткенова звучит непривычно для русского уха, и это прямой ключ к её происхождению. Она явно не великорусская, а тюркская или кавказская, и, скорее всего, женская по форме. Мужской вариант — Шауткенов. Основа фамилии — личное имя или прозвище Шауткен (или Шауткен).

Разберём корень. Первая часть «Шаут» — может восходить к арабскому «шаут» (شوط), что означает «бег», «забег» или «дистанция». В тюркских языках это слово могло закрепиться как прозвище для быстроногого, спортивного человека или гонца. Вторая часть «кен» — типичный тюркский компонент, означающий «широкий», «просторный» или выступающий как суффикс принадлежности. Иногда «кен» в именах означает «день» (от персидского «кен» — день, но это реже). В целом, Шауткен можно перевести как «широкий бег» или «просторный забег» — метафорическое прозвище для того, кто много путешествовал, был скор на ногу или занимался доставкой.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») — классический русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в документах XIX–XX веков. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в регионе, где русская администрация адаптировала местные имена под свои стандарты: на Кавказе, в Поволжье или в Средней Азии. Фамилия не дворянская и не крестьянская в привычном понимании — она принадлежит к числу тех, что возникли у народов, вошедших в состав Российской империи, как фиксация прозвища в официальных бумагах.

Географически фамилия Шауткенова встречается в Казахстане, Киргизии, а также среди карачаево-балкарских и ногайских народов. Встречаются варианты написания с одной «т» (Шаукенова), что может указывать на другой корень — «шау» (шум, слава) + «кен». Но написание через «т» (Шауткенова) более редкое и прямо указывает на исходное слово «шаут». Так что предок носителя фамилии — скорее всего, человек, получивший прозвище за скорость или размах деятельности, а не за знатное происхождение.