Фамилия Шаутенов — редкий для русского уха случай, где основа явно не славянская, а суффикс «-ов» выдает обрусевшую форму. Если отбросить типичное окончание, указывающее на принадлежность («чей?» — Шаутенов), остаётся корень «Шаутен». Самое вероятное объяснение — фамилия восходит к имени или прозвищу Шаутен, которое, в свою очередь, имеет голландское или фламандское происхождение.

В Нидерландах слово «schouten» (старое написание — schauten) исторически означало деревенского старосту, судью или управляющего. В русской истории это слово закрепилось через Петровскую эпоху: при строительстве флота и найме иностранных специалистов в Россию приезжали голландские и немецкие мастера, моряки, инженеры. Шаутенами часто называли капитанов дальнего плавания или лоцманов — в голландском языке «schout-bij-nacht» (шаутбенахт) дало название чину контр-адмирала. Таким образом, Шаутенов — это «сын Шаутена», то есть потомок человека, носившего такое прозвание по должности или профессии.

Вторая, менее распространённая версия отсылает к калмыцкой или тюркской среде. В калмыцком языке есть слово «шаут» — «плеть, кнут», и фамилия могла возникнуть как прозвище резкого или властного человека. Но суффикс «-енов» (не «-ов» напрямую к корню «шаут») скорее указывает на адаптацию иноязычного имени через форму Шаутен, что делает голландскую гипотезу более логичной: сначала появилось имя Шаутен, а уже от него — русская фамилия Шаутенов.

Географически фамилия встречается в южных регионах России и в Поволжье, где исторически селились иностранные колонисты, а также в среде казачества, куда могли попасть обрусевшие потомки голландских или немецких выходцев. Встречается она и среди калмыков, что усиливает версию о двух независимых очагах происхождения.

Словообразовательная модель здесь классическая для фамилий некрестьянского сословия: суффикс «-ов» присоединяется к полному имени предка (Шаутен), а не к краткой или уменьшительной форме. Это указывает на то, что носитель фамилии, скорее всего, происходил из среды, где ценилось точное имя — военной, служилой или городской.