Фамилия Шаукенов — один из ярких примеров фамилий, образованных по русской модели от тюркского имени. Её основа — казахское или башкирское мужское имя Шаукен, которое, в свою очередь, восходит к арабскому «шаук» — «огонь», «пыл», «страстное желание». В тюркской среде это имя могло даваться ребёнку с пожеланием горячего, деятельного характера, либо как оберег — чтобы «жар» имени отпугивал злые силы. Фамилия строится по стандартной русской схеме: к основе Шаукен добавляется суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Шаукенов, то есть сын Шаукена). Такая модель массово закрепилась у народов Поволжья, Приуралья и Казахстана в XIX–XX веках, когда при переписях и паспортизации тюркские имена русифицировали.

Географически фамилия Шаукенов преимущественно встречается в Казахстане, особенно в Западно-Казахстанской и Атырауской областях, а также среди татар и башкир в России. Это не случайно: в этих регионах арабские имена с корнем «шаук» были популярны в среде мусульманского духовенства и торговцев. Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые в русском языке часто теряют ударение на корне, Шаукенов сохраняет типичное казахское ударение на последнем слоге основы — Шауке́нов (хотя в русской среде возможен вариант Шау́кенов).

Встречается и альтернативная версия происхождения: от тюркского слова «шау» (шум, гам) и «кен» (широкий, просторный) — то есть «шумный простор». Однако она менее убедительна, так как имя Шаукен фиксируется в мусульманских именословах именно как арабское заимствование, а не как тюркское сложное слово. Фамилия не относится к дворянским или аристократическим — её носители в основном выходцы из крестьян, скотоводов и ремесленников, что типично для массовых фамилий тюркского происхождения.