Фамилия Шавдаров образована от прозвища или имени Шавдар. Это редкая фамилия, сконцентрированная в основном на Северном Кавказе и в Закавказье — в Дагестане, Чечне, Грузии, Армении, а также в среде казачества. Основа «шавдар» не имеет однозначного славянского корня, что указывает на её вероятное тюркское или иранское происхождение.

Скорее всего, в основе лежит слово «шавдар» из тюркских языков, означающее «чёрный», «смуглый», «тёмный» (ср. с карачаево-балкарским «шаудар» — «тёмный»). Такое прозвище могли дать человеку за цвет волос, кожи или глаз. Вторая версия отсылает к иранскому «шав» — «ночь» и «дар» — «имеющий»: «ночной», «тот, кто активен ночью», возможно, сторож или пастух. Третья, менее вероятная, связь — с грузинским словом «шавдари» (шав-дари) — «чёрное поле» или «чёрная долина», что могло стать топонимическим прозвищем для выходца из такой местности.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для второй половины XIX — начала XX века. Носители фамилии Шавдаров, жившие в многонациональных регионах империи, получали фамилию по отцу с добавлением русского патронимического окончания. Таким образом, фамилия не славянская по корню, но русская по форме.

Среди возможных предков — крестьяне, казаки или горцы, получившие фамилию при переписях. В Дагестане и Чечне фамилия встречается у представителей разных национальностей: кумыков, чеченцев, аварцев, что подтверждает её происхождение из общей языковой среды. В русских губерниях Шавдаровы почти не фиксируются, что делает фамилию ярким маркером кавказских корней.

В написании возможны варианты Шавдаров и Шавдарян (в армянской среде), но форма на -ов остаётся основной для русского документооборота.