Фамилия Шайдабекова — женская форма фамилии Шайдабеков, и её разумнее разбирать через мужской вариант. В основе лежит сложносоставное тюркское имя Шайдабек. Первая часть, «шайда», восходит к арабскому слову «шайид» (святой, славный, господин) или к тюркскому «шайда» (бешеный, неистовый, одержимый — в значении «смелый до безрассудства»). Вторая часть, «бек», — классический тюркский титул, означающий «князь», «господин», «правитель». Таким образом, имя Шайдабек могло означать «святой (или смелый) господин».

Суффикс «-ов» (в мужском варианте «-ов») указывает на принадлежность: Шайдабеков — буквально «сын Шайдабека», «потомок Шайдабека». Это типичная русская патронимическая модель, адаптированная для тюркских имён в XVI–XIX веках, когда народы Кавказа, Поволжья и Средней Азии входили в состав Российской империи. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском смысле — она скорее указывает на род, ведущий начало от уважаемого человека, носившего имя-титул.

Географически фамилия Шайдабекова распространена в Дагестане (особенно у кумыков и лезгин), а также в Чечне и среди тюркских народов Северного Кавказа. Встречается она и в Азербайджане, где суффикс «-ов» привился в советское время. В русском написании фамилия закрепилась с буквой «ё» (Шайдабекова) или без неё (Шайдабекова) — оба варианта равноправны, хотя в официальных документах чаще встречается вариант без «ё».

Редкая особенность фамилии — её практически полная прозрачность для тюркского уха при одновременной неочевидности для русского. Если носитель фамилии не знает тюркских языков, он может ошибочно связать «шайда» с русским «шайка» или «шайба». На самом деле корень глубоко уходит в доисламскую и исламскую культуру Востока, где «шайд» — не шайка, а нечто сакральное или воинственное.