Фамилия Шайханова образована от восточного мужского имени Шайхан, которое является составным и восходит к двум тюркским словам: «шай» и «хан». «Шай» в переводе с арабского на русский язык означает «царский, царственный». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шайхановых можно лишь на основании генеалогических исследований.