Фамилия Шайханов — одна из тех, что хранит в себе восточный след, и её корень почти на поверхности. В основе лежит мужское имя Шайхан, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «шайх» (от арабского «шейх») — старейшина, глава рода, духовный наставник. Суффикс -ан в тюркских языках часто придаёт имени ласкательный или уменьшительный оттенок, так что Шайхан — это «шейх-батюшка», уважительное и одновременно тёплое обращение.

Модель образования фамилии прозрачна: к имени Шайхан добавили русский патронимический суффикс -ов, что значит «сын Шайхана» или «принадлежащий к роду Шайхана». Такая конструкция типична для фамилий, возникших у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, — например, у татар, башкир, казахов. При этом сама фамилия встречается не только у мусульман, но и у русских, чьи предки могли быть крещёными татарами или людьми, получившими прозвище от соседей.

Стоит отметить, что в некоторых диалектах имя Шайхан могло быть не личным, а прозвищным — так называли человека, который вёл себя степенно, по-старчески мудро или, наоборот, любил поучать. Альтернативная, менее вероятная версия возводит основу к тюркскому «шай» — «радость, веселье» (сравните с казахским «шай» — «чай»), но она не подтверждается ни частотностью, ни географией: носители фамилии Шайханов компактно живут в Поволжье и на Урале, где арабское влияние на язык было сильным.

Есть и редкая омонимичная форма — фамилия могла возникнуть от названия села Шайхан (например, в Башкортостане), но это скорее исключение, чем правило. В любом случае, Шайхановы — потомки человека, которого в своём кругу называли уважительно: «шейх», старейшина, глава.