Фамилия Шайновский образована по типичной для восточнославянского ономастикона модели с суффиксом -ский. Этот суффикс, как правило, указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке он широко распространился и среди других сословий, особенно в западных губерниях Российской империи. Основой для фамилии послужило географическое название — скорее всего, населённый пункт вроде Шайново, Шайновка или Шайновичи. Такие топонимы встречаются в Беларуси, Польше и на западе Украины, что даёт основание связывать фамилию с польско-белорусским ареалом.

Корень Шайн- в топониме может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия — от польского или белорусского слова szajn / шайн, заимствованного из немецкого Schein — «свет, блеск, сияние». В таком случае название поселения могло быть связано с местом, где что-то блестело, например, с песчаным берегом реки или с вырубкой, освобождённой от леса. Менее распространённая гипотеза — связь с еврейской фамилией Шайн (от идиш שיין — «красивый»), но в таком случае суффикс -ский нетипичен для еврейских фамилий, и он мог появиться лишь при полной русификации или через топоним, уже существовавший до переселения носителей.

В польской традиции фамилии на -ский были привилегией шляхты, поэтому предок-основатель мог владеть или арендовать землю в Шайнове. Однако в XIX веке, после отмены крепостного права, фамилию нередко давали по названию деревни, где жил человек, независимо от его сословия. Так что носители фамилии Шайновский могли быть как мелкими дворянами, так и крестьянами или мещанами, переселившимися из одного села в другое и получившими прозвание по прежнему месту жительства.

В документах фамилия встречается в основном на территории современной Беларуси и восточной Польши. Есть единичные упоминания в метрических книгах Гродненской и Виленской губерний XIX века. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, что типично для фамилии, привязанной к небольшому локальному топониму. В русском языке фамилия сохраняет ударение на втором слоге: Шайно́вский, что соответствует польской акцентуации и ещё раз подтверждает её западное происхождение.